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상가나 빌딩을 사들일 때 부담한 부가가치세는 원칙적으로 취득시 소요되는 '기타 부대비용'으로 봐 양도차익을 계산해야 하며, 폐업한 사업자가 부담한 잔존재화에 대한 부가가치세 역시 필요경비로 봐 양도소득세를 계산해야 한다는 대법원의 확정판결이 내려졌다.
대법원의 이번 판결은 특히 양도차익 계산방법을 규정한 소득세법에서는 아직까지 폐업시 잔존재화 등에 대한 매출세액은 양도소득의 필요경비로 열거하지 않은 상황을 감안하면, 관련 규정에 대한 입법보완을 촉구하는 의미를 담고 있는 것이어서 주목된다.
24일 국세청 등에 따르면 대법원은 최근 A씨가 부천세무서장을 상대로 "폐업시 잔존재화로 부담한 매출세액을 양도가액에서 차감하지 않는 것은 부당하다"며 낸 '양도소득세 환급거부결정취소 소송' 상고심과 관련, 앞선 판결결과를 모두 뒤집고 A씨 손을 들어줬다.
자산의 취득시 소요된 '기타 부대비용'이 양도가액에서 공제할 필요경비에 포함되는 '취득에 든 실지거래가액'의 하나로 열거한 소득세법 입법취지 등을 고려할 때, 자산을 취득할 때 부담한 부가가치세도 취득·등록세와 달리 볼 이유가 없다는 것이 대법원의 판결 요지.
대법원 등에 따르면 A씨는 지난 2005년과 2006년 대지와 상가건물을 두 차례에 걸쳐 31억1533만원에 사들여 임대사업을 시작했으며, 2009년 관련 부동산이 수용됨에 따라 41억8700만원에 양도하고 사업을 접었다.
그러나 중부지방국세청은 부천세무서에 대한 자체 감사과정에서 A씨가 부동산 양도에 따라 자진 신고·납부한 양도소득세는 잔존재화에 대해 부담한 부가가치세가 필요경비로 잘못 공제된 결과임을 지적했고, 결국 A씨는 5079만의 양도세를 추징당하게 됐다.
A씨는 이어 "부동산 중 상가건물을 취득해서 임대사업을 하다가 폐업한 후 양도한 것"이라며 "상가건물의 잔존재화에 대해 부담한 매출세액인 쟁점세액은 양도가액에서 공제하는 필요경비에 해당한다"고 주장했다.
조세심판원과 인천지방법원 그리고 서울고등법원은 "소득세법에서 폐업시 잔존재화에 대하여 부담한 매출세액을 양도소득의 필요경비로 열거하고 있지 않음이 명백하다"는 이유를 들어 일관되게 A씨 주장을 기각했다.
A씨가 임대사업을 폐지함에 따라 잔존재화인 건물에 대해 부담한 부가가치세는 소득세법에서 규정하고 있는 '매입가액' 내지 '취득세·등록세 기타 부대비용'에 포함되지 않고, 결국 매출세액을 양도소득에서 필요경비로 공제하지 않은 국세청 처분은 정당하다는 것.
하지만 대법원은 "서울고등법원의 판단은 수긍할 수 없다"며 판단을 달리했다.
대법원은 "소득세법에 따르면 자산의 취득시 소요된 '기타 부대비용'이 양도가액에서 공제할 필요경비에 포함되는 '취득에 든 실지거래가액'의 하나로 열거돼 있다고 볼 수 있다"고 지적했다.
대법원은 특히 "소득세법 입법취지 등을 고려하면, 자산의 취득시 부담한 부가가치세액은 원칙적으로 취득시 소요되는 '기타 부대비용'으로서 취득가액에 포함돼야 한다"고 강조했다.
사업자의 경우에는 취득할 때 매입세액으로 공제받음으로써 실질적으로 부가가치세액을 부담했다고 볼 수 없기 때문에, 이를 취득시 소요되는 부대비용으로 보지 않는 것이라는 것이 대법원 설명이다.
대법원은 이어 "건물과 같은 고정자산의 경우 잔존재화에 대한 부가가치세는 폐업시까지 자산을 처분하지 않음으로써 취득시 지출하였다가 매입세액으로 공제받은 부가가치세액의 일정 부분을 실질적으로 다시 부담하게 되는 것"이라고 강조했다.
대법원은 결국 "이는 사업자임을 이유로 매입세액으로 공제받았던 취득시 부담한 부가가치세를 그 지위를 상실하게 됨에 따라 다시 부담하는 것이라 할 수 있다"며 "그 부분에 대해서는 취득시 소요되는 '기타 부대비용'에 포함된다고 봐야한다"고 판단했다.
이에 따라 대법원은 "A씨에 대한 국세청 과세가 정당하다고 판단한 서울고등법원은 소득세법에서 정한 '기타 부대비용'에 관한 법리를 오해, 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다"며, 관여 대법관의 일치된 의견으로 원심판결을 파기하고 사건을 서울고등법원에 환송했다.
[참고 판례 : 대법원 2012두12723]